昆明裂腹鱼生长温度在12～20℃，最适生长温度14～18'C。冬季长潜于河道石缝或附近岩溶洞穴，夏季常摄食于砾石滩处，多食着生藻类，以硅藻为主，亦食少量水生昆虫。在人工饲养集件下食人工配合饲料，投喂时摄食能力强。

繁殖期进行短距离洄游，为一次性产卵鱼类，雄鱼3-4龄成熟，雌鱼4-5龄成熟。自然状况下亲鱼于3-5月在洄水弯浅滩卵石河沙混合底质产卵，人工饲养条件下其产卵期为每年4～5月份，受精卵为黄色或银白色，沉性，圆球形，直径1mm左右，绝对怀卵量1万～15万粒，相对怀卵量为25～30粒/g，刚孵化出的鱼苗全长1～1.2mm，卵黄囊较大，平卧在流速较小的河底砂石之间或孵化箱底部，大约经过6-7天的饲养，卵黄囊被吸收2/3左右鱼苗开始上游觅食。幼鱼以水生小型动物(如水蚯蚓等)为主要食物，在流水摄食、肥育，秋未以后到干流河床石缝或暗流深水区越冬。